▲ 小三通船班密集，價格也較經濟，相當受到旅客歡迎。
較去年成長47％ 福州台灣海上直航將成衝擊
根據金門縣港務處統計， 金門、廈門、泉州的小三通客運航線，在今年1∼6月的旅客運量達到65萬491人次，較去年同期增加了30萬4953人次，成長46.88％。金門縣港務處表示，小三通旅客大幅成長，主要是拜擴大小三通政策之賜，因為自去年6╱19起，台灣民眾也可比照金馬澎的居民自由往返兩岸。
暑假加開金廈船班
雖然7╱4兩岸開放包機直航，但由於小三通船班密集，價格較經濟，仍有許多人選擇以此方式往返兩岸；加上大陸今年初開放25省市地區人民遊台灣，不少大陸團體也選擇從金門進出，也是促進小三通運量成長的因素。根據金門縣港務處研判，今年底小三通運量應有機會突破120萬人次。
此外，為了因應暑假旺季，金廈泉小三通自7╱ 1 6 起， 每天增開4 班往返金門水頭碼頭與廈門五通碼頭的航線；水頭碼頭至五通碼頭間的航線將由原先每天8班，增加為12班，而末班船則延長到下午5時對開。總計每天往返金門與廈門東渡碼頭有20班、五通碼頭12班、泉州石井港4班，總共有36班船，可輸運約9,000人。
海上直航衝擊小三通
不過隨著8月底定期航班啟動，兩岸直航航點不斷增加，加上民航局要求航空業者降低票價，小三通成本的優勢也逐漸流失。另外，福建正積極籌備福州與台灣定期的海上直航，打造所謂「黃金通道」，而門市預計於8、9月開通廈門—澎湖航線，未來海陸空聯通不再只是金門的專利。
據了解，在第11屆海峽兩岸航運交流協會上，曾簽訂打造福洲新港與台北港間快速客貨運輸航線的構想，且可人車貨同船，未來若此合作項目實現，小三通勢必遭遇另一波衝擊。
小三通行李直掛
為了有效紓解旅客攜帶行李在水頭碼頭通關擁塞的情形，並進一步提升小三通的服務效能，民航局在6╱15起，試辦小三通出境行李直掛政策。台灣民眾只要透過小三通，從台灣，途經金門、馬祖，進入大陸，行李即可從台灣直掛到大陸，不過原先這段過程海關會向航空公司收取「加封費」，平均每輛保稅卡車，收取100∼250元不等的費用。
為了避免航空公司將這段費用轉嫁的消費者身上。財政部於8╱4起宣佈取消行李直掛「加封費」，最快8月中旬可以實施。此外，金門小三通入境的行李直掛服務，還需要等水頭碼頭的擴建改善工程完成，根據財政部關稅總局表示，預計年底這項工程就會完工。