北京
海南航空於北京起飛的國內、外航線、班次，可算是首都機場內數二的航空公司。由北京直飛台灣的部分，每週共有4班 HU7987直達台北桃園機場，分別為週一、三、五、日的上午8：55 起飛，於12：05抵達。
除此之外，海航集團旗下的海南航空、大新華航空、首都航空、大新華快運的大陸境內航班全部進入1號航站樓運營，而其國際及港澳台航班則繼續在2號航站樓運營，海航集團也是唯一一間於1號航站樓營運的航空公司集團。而對於在此中轉境內其他航點的旅客，提供有中轉時間達6小時以上的乘客，將由海航人員安排住宿之服務，再於乘機前120分鐘接送旅客至航站。
＊開通航點╱航班
可通航至桂林、南昌、哈爾濱、南寧、大連、廣州、上海虹橋、深圳、杭州、烏魯木齊、西安、三亞、長沙、成都、昆明、海口、烏海、滿洲里、貴陽、溫州、長冶、重慶、海拉爾、牡丹江、寧波、武漢、東營、銀川、蘭州、廈門、合肥、九江、齊齊哈爾、佳木斯、宜昌、福州、包頭、呼和浩特、南京、長春、西寧、太原、台北桃園等43個城市。
烏魯木齊
目前海南航空每日共有3班廣體客機執飛「北京─烏魯木齊」，因應大陸西部大開發的政策，對於新疆有眾多後續發展的計畫，因此烏魯木齊航點也將成為海南航空近兩年的重點之一。在客群上，淡季主要為商務客人、旺季則為商務、旅遊的混合航線。
＊開通航點╱航班
此航站開通北京、蘭州、庫爾勒、上海虹橋、阿克蘇、喀什、廣州、成都、西安、武漢、重慶、太原、鄭州等13個城市。除此之外，也於今年3月起新開每週一、三、五、日執行「烏魯木齊─太原─南京」、「烏魯木齊─ 鄭州─大連」之航線；每週二、四、六執行「烏魯木齊─蘭州─合肥」、「烏魯木齊─太原─青島」 之航線，以上航線航班時刻表如下：
蘭州
隨著絲路旅遊掀起熱潮，蘭州成為觀光旅遊的搶手航線。於今年3月開通合肥─蘭州直飛航線，於每週二、四、六執行。合肥至蘭州班機號為 HU7830，起飛時間為22：00、抵達時間為次日的00：30。由蘭州返航至合肥班機號為HU7829，起飛時間為19：10，抵達時間為21：10。該航線由波音737─800客機執飛，共設有8座頭等艙，以及156座經濟艙。轉大陸境內航班的旅客，由入境國際航班辦理國內航班剪票手續，最少轉機時間為 90分鐘。
＊開通航點╱航班
目前通航上海浦東、北京、西安、烏魯木齊、深圳、武漢、桂林、合肥、重慶、台北桃園等10個城市。
西安
海南航空在西安的航線網絡表現上，是當地數一數二強大的航空公司。在西安航線的客群表現以遊客為主，於今年3╱25起，海南航空也與立榮航空開展代碼共享之合作，提供更多西安直飛台北的航班選擇。
＊開通航點╱航班
通航北京、蘭州、廈門、廣州、銀川、深圳、西寧、重慶、烏海、杭州、烏魯木齊、長沙、成都、上海浦東、青島、武漢、南京、昆明、太原、福州、南昌、台北桃園等22個城市。
大連
目前海南航空於每週六直飛「台北─大連」，不僅便利兩地民眾往來，對於有意前往內蒙的遊客也有莫大的助益。不僅每日都有飛航「大連─鄂爾多斯」航線，配合上海南集團的子公司航點，還可以延伸到呼和浩特。目前大連每週有1班至東南亞的國際航班，日後發展也將陸續增班。
＊開通航點╱航班
開通之大陸境內航班有北京、佳木斯、三亞、鄭州、合肥、鄂爾多斯、南京、寧波、長沙、臨沂、哈爾濱、廈門與台北桃園，共13個大陸城市。
海口
海南航空由海南島起家，其飛航優勢有3點，第一，對於點對點的客人而言，到海口的班次一週有4班，便利出行需求；第二，海口身為海航的總基地之一，因此想要從海南島轉往大陸其他城市之旅客，海南航空也提供相當便利的中轉服務；第三則是海航在當地深耕多年，除了有航空公司之外，也有酒店集團，其旗下酒店皆為5星級品質，有利於旅遊產品的規劃。目前到海南的客人中，較多為遊客，占總體65％以上，不過近年來海南島上的資源如，珊瑚、水晶、珍珠等資源，漸漸被大家所熟悉，因此商務客也逐漸增加中。
＊開通航點╱航班
飛航北京、溫州、上海浦東、廈門、廣州、長沙、重慶、杭州、武漢、深圳、南昌、昆明、寧波、南京、鄭州、合肥、運城、南寧、貴陽、福州、成都、太原、台北桃園等22個城市。
廣州
海南航空在廣州航點的表現上，以商務客人為大宗，搭配上每週直飛3班「台北─廣州」的班機，可以便利乘客由廣州進，進而轉往東莞、珠海等城市。就旅遊產品操作而言，也可由此航點延伸至大陸西北部，有助於業者對於機位取得之便利性。
＊開通航點╱航班
開通北京、合肥、廈門、杭州、南京、福州、西安、三亞、重慶、烏魯木齊、溫州、寧波、鄭州、唐山、海口、青島、濰坊、南昌、貴陽、太原、天津、台北桃園等22個城市。
深圳
深圳鄰近香港、澳門、珠海、東莞等地區，地理位置良好，並且可以說是台灣人除了上海外，到大陸的第二大城，期望在未來能夠直飛台灣之航線。除此之外，預計於今年10月恢復每週3班，由空客330執飛直達雪梨之航線。
＊開通航點╱航班
開通北京、蘭州、寧波、重慶、貴陽、武漢、濟南、成都、三亞、廈門、西安、徐州、鄭州、南京、呼和浩特、海口、合肥、太原、天津、杭州等20個城市。
太原
目前太原可通往大陸境內14個城市，可中轉至東北、華中、華南、西安、西北等地區，其中以轉飛至西北的新疆航線最為熱門，每日皆有飛航「太原 ─烏魯木齊」之航線，並在週一、三、五、日皆有兩個時段可以選擇。
＊開通航點╱航班
開通運城、南京、烏魯木齊、青島、哈爾濱、西安、深圳、長沙、北京、海口、廣州、上海虹橋、合肥、杭州等14個城市。
